Misas en latín, faldas por debajo de la rodilla y prácticas sadomasoquistas. Mucho hay de realidad y tanto más de leyenda en la historia de la iglesia que le robó el nombre a la pedanía utrerana. Nada hubiera sido posible sin las dotes interpretativas del papa Clemente -calificado por muchos como un showman místico- y sin la ingeniería financiera de su amigo (hay quien dice que eran algo más) Manuel Alonso. Lo cierto es que ambos aprovecharon tres factores que les fueron favorables para construir este imperio: un lenguaje antimarxista y tradicional en los estertores del franquismo y tras el Concilio Vaticano II, la política fiscal de los países que concedían importantes desgravaciones a las donaciones y la superchería que generan las apariciones marianas (con su consiguiente negocio).

Hay quien asegura que Clemente se anticipó a Roma en el control de los supuestos milagros del Palmar (incluido un pozo con aguas que sanaban). "Hizo negocio antes de que la Iglesia convirtiera aquello en otra Fátima o Lourdes", afirman algunos vecinos del Palmar de Troya, donde las obras de construcción de la basílica dieron trabajo a 70 personas. Manuel Alonso supo, así, ganarse el beneplácito de los lugareños. Muchos de los que seguían creyendo en las apariciones pronto empezaron a dudar del papa palmariano. Uno de ellos fue el misionero Félix Arana (en su día ordenado obispo de esta iglesia), que tras abandonar la orden siguió acudiendo hasta su muerte con un grupo de devotos a rezar ante la cruz blanca de las apariciones, situada fuera del muro de cinco metros de alto y 700 metros de longitud que rodea los terrenos de la Santa Faz.

La siguiente escisión, más grave, tuvo lugar en los últimos años del pontificado de Clemente, cuando designa a Manuel Alonso su sucesor. El padre Isaac se rebeló contra este nombrambiento, por lo que fue acusado de traición y excolmugado junto a 18 religiosos, que fundan su propia iglesia palmariana en Archidona (Málaga).

Muchos han criticado la permisividad que tuvo la Iglesia sevillana con Clemente en sus inicios. Antonio García del Moral, quien fuera presidente del Instituto de Eclesiología Santo Tomás de Aquino, en una entrevista al programa Los Reporteros de Canal Sur Televisión, en 1991, admitió que en su día planteó al cardenal Bueno Monreal la práctica del realismo pastoral, un mecanismo que ponen en marcha los obispos italianos ante supuestas apariciones. En tal situación, el ordinario de la zona nombra a un delegado que "oriente" dichos casos para evitar que se llegue a los extremos del Palmar. Bueno Monreal, sin embargo, declinó esta sugerencia.

Los seguidores de Clemente no pueden tener contacto con el exterior ni mucho menos con quienes han abandonado su doctrina, de ahí que los especialistas la denominen como secta por el control absoluto que ejerce sobre sus integrantes. Sus misas se desarrollan en latín (o algo similar, pues pocos han aprendido esta lengua) y de espaldas al público, según el rito preconciliar. Las mujeres que accedan a la basílica deben portar faldas por debajo de la rodilla, manga larga y velo. Los hombres, camisa de manga larga y abotonada hasta el cuello. Se prohíbe el uso del vaquero.

No han sido pocos los rumores que han corrido sobre supuestas bacanales y prácticas sadomasoquistas de las religiosas de la Santa Faz, una orden que ha canonizado a Franco, Hitler y Cristóbal Colón, entre otros. Incluso trascendió el caso de un novicio cubano, de familia anticomunista, que se arrancó los testículos y el pene para preservar la castidad.