La extensión de las estaciones depuradoras y de los controles de la Administración sobre los vertidos han permitido que en los últimos años también se haya producido una mejora considerable en la calidad de las aguas de los ríos de Sevilla, según marcan los indicadores que la Confederación Hidrográfica del Guadalquivir (CHG) tiene repartidos por la provincia. Estos indicadores "muestran una notable mejoría [en los niveles de calidad de las aguas] durante el periodo comprendido entre 2003 y 2007".

Los puntos de control de la CHG determinan un Índice de Calidad General (ICG) -basado en las características físicas, orgánicas, inorgánicas y tóxicas del agua- que ofrece un valor de 0 a 100, donde 100 es excelente y menos de 50 es inadmisible. A partir del valor medio de las estaciones de medición, la CHG concluye que "el 60% de la mismas presenta resultados del índice superiores a 75, lo que significa una calificación del estado de calidad de bueno o excelente", aunque no especifica el porcentaje que queda por debajo del índice 50. Además, para este periodo entre 2003 y 2007, "en el 63% de los casos se detecta una mejora en los resultados del ICG".

No obstante, todavía existen varios puntos donde la calidad de las aguas está muy por debajo de lo necesario. La CHG establece que las zonas con mayores afecciones a la calidad de las aguas corresponden a la cuenca baja de los ríos Corbones, Genil y Guadaíra, "que soportan una elevada presión urbana e industrial". Las estaciones de muestreo de estos ríos presentan un ICG medio en los últimos cinco años inferior a 55. Es decir, inadmisible. Aunque la CHG destaca la "evidente mejoría" que se ha producido en los últimos años en el tramo bajo del río Genil y el Guadaíra en el entorno de Morón, que por primera vez en mucho tiempo ha superado un ICG de 50.