La bibliografía de José María Javierre es muy extensa y la hemerografía suma miles de artículos. Sobre la historia religiosa de España y sus ideas (1850-1875), tiene nueve títulos: Reportaje a Don Manuel, Maestra y Madre, Soledad de los enfermos, Refugio de los ancianos, Fusilaron a un cura insigne, Una mujer misericordiosa, Reportaje y elogio para una monja, Cultura cristiana en nuestra época y Madre Coraje.

Sobre místicos del siglo XVI, ha escrito de Teresa de Jesús, Juan de la Cruz y Juan de Dios. En historia pontificia suma diez obras: Pío X, Cartas de Pío X, El mundo secularizado, Merry del Val, Pablo VI pontífice romano, De Juan Pablo I a Juan Pablo II, Juan Pablo II y nuestro tiempo, Juan Pablo II y España, Aconteció Tarancón y otros títulos. Añade obras sobre Historia y leyenda del Señor de Lasalle, El control de natalidad y Un hombre pregunta por Dios. Fue asimismo responsable de la edición española de la Historia de la Iglesia de Fliche-Martín.

Principales obras: Don Marcelo de Sevilla (1963). Madre de los pobres (1968), Premio Ciudad de Sevilla. De Juan Pablo I a Juan Pablo II: la aventura de la Iglesia en nuestros días (1978). El León de Cristo: biografía de Francisco Tarín (1980). Sor Ángela de la Cruz (1982). Teresa de Jesús: aventura humana y sagrada de una mujer (1982). El Papa en España (1982). Totus tuus: el mensaje de Juan Pablo II en párrafos urgentes (1983). Pío X (1984). El León de Cristo: en el 75 aniversario de su santa muerte (1985). Reportatge a mossèn Sol: un home bo i audaç (1987). Juan de la Cruz, un caso límite (1991). Pregón de Semana Santa (1993). Reportaje y elogio para una monja (1994). Aconteció Tarancón: sí somos hijos del cardenal (1996). La aventura de ser hoy sacerdote: biografía de Rufino Aldabalde (1997). Ni el color de mi ceniza: la monja de la noche clara (1999). Juan XXIII, reto para hoy (2000). La jesuita Mary Ward: mujer rebelde que rompió moldes en la Europa del XVII (2002). Busco a Jesús de Nazaret (2002). Ángela de la Cruz, ya enseguida, Santa Ángela (2003). Isabel la Católica: el enigma de una reina (2004). Una chica del barrio Salamanca: Madre Purísima de la Cruz (2006).