Los biocombustibles de segunda generación, además de permitir una producción más eficiente, también podrán ayudar a luchar contra el problema del cambio climático de una forma más efectiva puesto que supondrán, entre otras ventajas, la plantación de mayores superficie de terreno, que permite una mayor absorción de dióxido de carbono, el principal causante de este fenómeno sobre el que han saltado ya todas las alarmas. En la actualidad, muchas parcelas permanecen baldías porque los agricultores no ven rentable los cultivos tradicionales.

Muchos expertos han puesto en duda las bondades medioambientales de los actuales biocombustibles, puesto que consideran que su aportación neta es negativa. Es decir, el proceso de fabricación de los biocombustibles -desde la plantación de los cultivos hasta su llegada a las estaciones de servicio- genera más CO₂ del que después evita cuando es utilizado por los vehículos, puesto que este proceso implica la utilización de maquinaria para recolectar, camiones o barcos para transportar materias primas, etcétera.

Los biocombustibles de segunda generación mantendrían este mismo consumo, puesto que su proceso de fabricación es prácticamente idéntico, pero al aumentar el volumen de producción, y su uso por los ciudadanos, el balance de emisiones-reducciones de CO₂ podría ser positivo.

Los nuevos cultivos también buscan -y es uno de los aspectos sobre los que también se está investigando en el proyecto IDEA- una mayor eficiencia en el uso del agua, de forma que se puedan obtener unos elevados rendimientos con un bajo consumo.