La juez Alaya ha impuesto fianzas civiles por importe de más de 40 millones a los tres ex secretarios generales técnicos de la Consejería de Empleo: Javier Aguado Hinojal (5.091.466,66 euros), que ocupó el cargo entre 1994 y 2000; Juan Francisco Sánchez García (33.954.784,66 euros), que estuvo en el puesto entre 2000 y 2004; y a Lourdes Medina Varo (1.037.712,66), que fue secretaria general técnica entre 2008 y 2012.

Alaya considera al primero de estos ex altos cargos, Javier Aguado Hinojal, "uno de los impulsores del sistema de concesión de ayudas sociolaborales prescindiendo del procedimiento legal, así como de la presupuestación de la partida 31L para el pago de estas ayudas mientras estuvo en la Consejería de Empleo". Sobre Juan Francisco Sánchez, la juez dice que es un "activo conocedor y partícipe del procedimiento seguido para la concesión y pago de las subvenciones sociolaborales del programa 31L y de su presupuestación a lo largo de la década investigada, particularmente en el periodo de auge de concesión de estas ayudas" y dice que llegó a tramitar 12 modificaciones presupuestarias por valor de 127 millones.

En el caso de Lourdes Medina Varo, Alaya le impone esta fianza por su "competencia en la elaboración del anteproyecto del Presupuesto de la Consejería de Empleo y su conocimiento de la Memoria Económica referida al ejercicio 2009, en la que aparece descrito con claridad el objeto y contenido del programa 31L, por su activa intervención en las modificaciones presupuestarias que hubo para incrementar el crédito de las transferencias de financiación, y en tercer lugar, por su indiciario conocimiento del objeto y alcance de la Encomienda de Gestión de 2010".

En el auto, Alaya reitera que el sistema para la concesión de las ayudas "repartió millones de euros a empresas próximas al poder político o sindical, bien para las supuestas inversiones que no se controlaban, bien para la prejubilación de trabajadores".