Más que orfebre, platero; escultor y también autor de uno de los tratados artísticos que tuvieron más relevancia en su época y que se mantuvo vigente durante varios siglos. Juan de Arfe y Villafañe fue, sobre todo, un constructor de custodias. La más lograda, él mismo así lo afirmaba, es la que hizo entre 1580 y 1587 para la Catedral de Sevilla. Además, este leonés de ascendencia alemana realizó otras piezas que son consideradas como obras de primer orden, como las de las catedrales de Ávila, o la de Valladolid, labrada después que la sevillana.

Juan de Arfe, apellido que deriva de la localidad alemana de Harff, de donde eran originarios, siguió la trayectoria de su familia. Era hijo de Antonio de Arfe, y nieto de Enrique de Arfe. "Es la saga de plateros más importantes desde principios del siglo XVI", afirma Andrés Luque Teruel, profesor de Historia del Arte de la Universidad de Sevilla. El Cabildo Catedral decidió encargar a este reconocido platero la ejecución de una custodia para la procesión del Corpus Christi. Para ello, se trasladó a la ciudad hispalense, donde permaneció durante ocho años. El Cabildo no escatimó en medios y proporcionó a Arfe una gran cantidad de plata americana para la construcción de esta magna obra, que debía ser la mejor de cuantas existieran en España. El resultado no dejó lugar a dudas: más de 300 kilos del precioso metal empleados en un compendio arquitectónico formado por cinco cuerpos, y más de tres metros de altura. De su completísimo programa iconográfico se encargó Francisco Pacheco, un ilustrado canónigo, tío del pintor del mismo nombre: "Fueron años de intensísimo trabajo. Desarrolló un proyecto arquitectónico. Es como un retablo, en el que, además se ve que intervienen algunos colaboradores. Por ejemplo, la mano de Arfe se identifica en los relieves del primer cuerpo. En los superiores, se muestra una mano distinta. El programa iconográfico implicaba el conocimiento de toda una serie de escenas para reflejarlas con fidelidad". Al ser una pieza tan compleja, Arfe escribió una pequeña guía, Descripción e la traça y ornamento de la custodia de plata de la Sancta Iglesia de Sevilla, que explicaba su contenido y significado. Durante su etapa en Sevilla también escribió uno de sus libros más famosos De varia commensuración para la Esculptura y Architectura (1585), una obra de estudio anatómico. "En él, Arfe sienta las bases desde la que partirán grandes artistas de la escuela sevillana. Los autores conocen este tratado". La influencia del platero sobre sus artistas coetáneos fue importante, hasta el punto de influir en ellos y en los trabajos que se realizaron con posterioridad. "Las custodias barrocas de Laureano de Pina siguen su forma y modelo. También los orfebres modernos continúan con su desarrollo narrativo".

Las comparaciones con la custodia que creó su abuelo, Enrique de Arfe, para la Catedral de Toledo, son recurrentes, aunque estilísticamente no sean comparables: "La de Toledo es gótica, pero no del estilo francés del siglo XII o XIII. Es un gótico del XVI que se consideraba un estilo moderno. El estilo renacentista de la sevillana se consideraba antiguo". Hay más coincidencia en los recursos técnicos y en la ejecución, pero el resultado final es muy distinto. "La custodia de Sevilla está concebida como una gran torre triunfante. La equipara a la Giralda. La dependencia de Arfe respecto a Hernán Ruiz II es clara. La de Toledo tiene una serie de cuerpos escalonados, pero como un gran dosel que cubre y dignifica al Santísimo".

La custodia de Sevilla ha sufrido varias alteraciones a lo largo de los siglos. La más importante fue la realizada en 1668. Afectó principalmente al primer cuerpo, al que se le añadió un basamento y 12 jarras, se colocó la imagen de la Inmaculada en su interior desplazando a la fe. Sobre la balaustrada que lo remata se situaron unos ángeles pasionarios de cuerpo entero y se subieron los originales, más pequeños, al segundo cuerpo. También se sustituyó el remate primitivo por una nueva y gran figura de la fe. "El paso tal y como lo conocemos hoy es fruto de este enriquecimiento: las jarras, los ramos cónicos, los faldones de gran valor...", indica Luque Teruel, quien destaca el exorno floral de ramos cónicos que contribuye a resaltar el sentido ascendente del conjunto y el mensaje, "un acierto su recuperación por Manuel Palomino".

En el ocaso de su vida Juan de Arfe trabajó en la corte bajo el auspicio del Duque de Lerma, que le encargó los sepulcros de varios parientes. Sólo pudo acabar el del arzobispo Cristóbal de Rojas, que se encuentra en la Colegiata de Lerma (Burgos), antes de fallecer en 1603.