La dirección de ETA también encargó al comando Vizcaya que estudiara la posibilidad de establecer una infraestructura estable en Portugal. Para ello alquilaron viviendas y sustrajeron documentación y vehículos que después fueron empleados en atentados en España.

Sucedió con el coche que los terroristas emplearon en el atentado contra la casa cuartel de Durango, en agosto de 2007. Los autores de ese robo fueron precisamente el jefe del comando Vizcaya, Arkaitz Goicoetxea, y el etarra huido Jurdan Martitegi, los primeros componentes del comando desarticulado por la Guardia Civil. Los dos terroristas alquilaron un Seat Ibiza en el país vecino que acabaron robando y con el que regresaron a Vizcaya. Una vez que los dos etarras llegaron a su destino, lo ocultaron hasta el día que lo utilizaron como coche-bomba contra la casa cuartel de dicha localidad vizcaína.

Las investigaciones de entonces detectaron conversaciones telefónicas en la localidad portuguesa de Faro, en el verano de 2007, que confirman la orden de Txeroki a sus subordinados de que se establecieran en Portugal, fijando así un centro de operaciones permanente. La base operativa por excelencia de ETA ha sido Francia, pero los golpes constantes que ha recibido la banda han hecho del país vecino un lugar inhóspito para los terroristas. Esta colaboración dio sus frutos el pasado viernes con la detención de los etarras Olga Comes y Asier Eceiza. La Policía francesa localizó ayer la casa donde se alojaban y procedió a un minucioso registro en busca de más pistas.

Otro hecho destacado que se produjo en el verano de 2007 sucedió en la localidad onubense de Almonte, cuando un comando de ETA se vio obligado a abandonar un Ford Focus que los terroristas habían robado en Lisboa, y que habían cargado con explosivos.

Según el auto del juez Garzón, tanto Martitegi como el detenido jefe del comando Vizcaya se dedicaron a anotar matrículas de coches portugueses durante su estancia en el país luso.

El juez responsabiliza también a los componentes de ese comando de muchos de los atentados producidos tras la última tregua. Además del atentado contra la casa cuartel de Durango, Garzón les acusa también del ataque contra la casa cuartel de la Guardia Civil en Legutiano, que se cobró la vida del agente Juan Manuel Piñuel Villalón.