El sindicato Comisiones Obreras logró a finales de 2014 que Zoido se comprometiera a un calendario de pago para hacer frente a la deuda de 290 millones de euros que el Ayuntamiento mantiene con la Gerencia de Urbanismo en sucesivas transferencias presupuestadas y no cumplidas, algunas de ellas datan de 1996. En todos los casos se trata de transferencias aprobadas por el Pleno que han sido incumplidas por los sucesivos gobiernos locales.

Los trabajadores de la Gerencia siempre defienden que, al margen de los perjuicios que ha provocado en las cuentas de este organismo autónomo la caída del mercado de la construcción, su funcionamiento con plenas garantías económicas estaría asegurado con el mero cumplimiento por parte de la Hacienda local de las transferencias que cada año se han ido incluyendo en los presupuestos. Las protestas se acentúan cuando la Gerencia entra en números rojos y han tenido que aprobarse planes de racionalización, que han incluido desde el uso controlado de los folios a la amortización de las plazas de los jubilados y la suspensión de la contratación de eventuales. Las denominadas "tensiones de tesorería" no han hecho más que poner en jaque a un organismo autónomo que hasta 2008 había estado viviendo de los cuantiosos ingresos por las licencias de obras y los intereses financieros que reportaban los fondos de los convenios urbanísticos.

Hay cuatro años (2006, 2008, 2009 y 2011) en los que el Ayuntamiento ha dejado de transferir partidas de entre 20 y 30 millones de euros. Aunque no se hayan producido las transferencias directas, la Gerencia sí ha contado con importantes ingresos como consecuencia de operaciones con el patrimonio municipal del suelo. En los últimos años es cuando los trabajadores han echado más en falta las transferencias comprometidas, que alivirían una situación que ha obligado a simplificar la estructura directiva y a las referidas determinados ajustes en la plantilla. Hay trabajadores que recuerdan que la Gerencia asume muchos servicios municipales por los que no recibe ningún ingreso extra.