Los dos únicos altos cargos de la Junta que han pasado por la cárcel durante estos ocho años y nueve meses desde que comenzó la instrucción del caso de los ERE son Francisco Javier Guerrero, ex director general de Trabajo y Seguridad Social, y Antonio Fernández García, ex consejero andaluz de Empleo. 

Javier Guerrero fue el primero de los investigados que pisó la cárcel, el 9 de marzo de 2012, cuando la juez Mercedes Alaya ordenó el ingreso en prisión provisional comunicada y sin fianza y estuvo hasta el 22 de octubre. Volvió el 22 de marzo de 2013 y salió el 5 de junio de 2013. Su chófer Juan Francisco Trujillo, lo hizo el 22 de marzo de ese mismo año como perceptor de 1,3 millones de euros para empresas inexistentes.

Por otro lado, Javier Guerrero se enfrenta a una condena a cinco años y 9 meses de prisión por el caso de los contratos fantasma en Umax. Esta sentencia está recurrida y pendiente de resolver por el tribunal.

Por su parte, Antonio Fernández ingresó en prisión preventiva el 24 de abril de 2012 y salió en agosto de ese mismo año tras pagar los 450.000 euros fijados como fianza por la Audiencia Provincial de Sevilla. Según su abogado, Alfonso Martínez del Hoyo, la cantidad se alcanzó gracias a "cientos de aportaciones individuales de sus amigos". En su auto de prisión, la juez Alaya acusó a Fernández de haber hecho "dejación absoluta" de sus funciones generando "enriquecimiento injustificado para unos y de empobrecimiento para las arcas" de Andalucía. 

Pero no son estos los únicos que han pasado por prisión. El ex directivo de Vitalia Eduado Pascual estuvo en prisión desde el 23 de marzo de 2013 hasta junio de 2014 tras pagar 6.000 euros de fianza. También pasaron por la cárcel María Vaqué, ex directiva de Eurobank del Mediterráneo y Juan Lanzas, conseguidor de los ERE y ex sindicalista de UGT-A.

Mención aparte merece Juan Francisco Trujillo, el chófer de Guerrero. Volvió a ingresar en prisión el 6 de noviembre de 2018 para cumplir una condena de 18 meses impuesta por el juzgado de lo Penal número 2 de Jaén, por no haber declarado a Hacienda una de las subvenciones que precisamente le había concedido Javier Guerrero. Tendrá que permanecer en prisión hasta el 1 de julio de 2020,  una vez que cumpla la primera de las condenas, tendrá que comenzar a cumplir casi dos años más de cárcel por otra causa.

Juan Francisco Algarín Lamela, ingresó en prisión provisional el 15 de enero de 2013 y uno de los presuntos testaferros de las "empresas pantalla" empleadas para introducir en el circuito financiero el dinero procedente de las sobrecomisiones aplicadas a las pólizas de prejubilaciones vinculadas con los ERE financiados por la Junta. A finales de febrero la Sección Séptima de la Audiencia Provincial de Sevilla ordenó su puesta en libertad bajo fianza de 10.000 euros, imponiéndole la prohibición de salir de España y la obligación de comparecer periódicamente en los Juzgados.

Antonio Albarracín, ex director de Vitalia entró en prisión en marzo de 2013 y en mayo de este mismo año salió en libertad con cargos tras haber depositado 600.000 euros en concepto de fianza.