Están nada menos que los cimientos. Sevilla conserva bajo tierra muchos vestigios de aquel gran templo mandado derribar en 1868 por la Junta Revolucionaria. La iglesia de San Miguel, que hemos conocido por óleos y por detalles como esculturas y partes de retablos que se salvaron al ser trasladados a otros templos, ocupaba gran parte de la actual Plaza del Duque y la calle Trajano. Se ha podido redescubrir una de las parroquias más grandes y queridas de la ciudad en el pasado, localizar su perímetro, registrar su planimetría y conservar sus monumentales cimentaciones. Las excavaciones arqueológicas que se han efectuado con motivo de la rehabilitación del edificio de los sindicatos como hotel de lujo han permitido localizar partes concretas del templo, caso del ábside, y por supuesto encontrar enterramientos. La obra del hotel ha sido una ocasión única para estudiar un lugar hasta ahora inédito para los investigadores arqueológicos. Cuando se construyeron los grandes edificios como el Corte Inglés, el Hotel Derby o el propio de los sindicatos, todos ellos de la segunda mitad del siglo XX, no estaba vigente una normativa como la actual. No hubo oportunidad de estudiar el subsuelo.
La transformación del edificio en hotel, incluida la construcción de un sótano para las estancias de servicio, ha permitido llegar a unas cotas de casi 5 metros bajo tierra. En este solar se encontraba la Parroquia de San Miguel desde época medieval, una iglesia gótica, de las más importantes y queridas de Sevilla, desamortizada y derribada en 1868 durante la Revolución de la Gloriosa. Estos importantes trabajos arqueológicos, efectuados en dos fases, se han realizado bajo la dirección científica de Daniela Lallone, que ha contado con la ayuda de Fernando Amores.
La investigación arqueológica ha hallado la cimentación y el ábside, entre otros restos de gran interés.
Justo debajo de la solería actual, a menos de un metro de profundidad, englobada dentro de una red de vigas de hormigón, se ha encontrado, perfectamente conservada, la estructura de la cabecera de la desaparecida iglesia que, según Ortiz de Zuñiga, fue reconstruida tras el terremoto, en 1356, bajo el reinado de Pedro I. En las excavaciones se han hallado los cimientos corridos del ábside, muros perimetrales y pilares de separación de las tres naves internas. La iglesia era de planta basilical con tres naves: la central mayor y las laterales menores , típicamente gótica. Presenta un profundo ábside hexagonal bordeado por contrafuertes externos e, internamente, presenta las bases de las columnas que se levantaban hasta la cubierta abovedada.
También ha salido a la luz el cementerio interno y la cripta. La cripta se encuentra justo en el medio de la cabecera, una estructura en ladrillos que conforma una pequeña estancia, lamentablemente ya saqueada y vaciada después del derribo de la iglesia. En la nave central se ha encontrado un conjunto formado por trece tumbas restantes. Los enterramientos se encuentran gravemente dañados debido a varios factores: el saqueo y destrucción durante el derribo, el tiempo en el cual este solar estuvo abandonado y dejado a la intemperie y, finalmente, la construcción del teatro, a finales del siglo XIX. Estas sepulturas recuperadas parecen poderse datar en los siglos XVI y XVII. Igualmente, apoyados a los muros perimetrales de la iglesia de San Miguel, se han encontrado los restos de Edad Moderna de las capillas adyacentes por un lado, y por el otro ( hacia la calle Aponte), restos de estructuras residenciales. Todas estos ámbitos se consideran propiedad de la parroquia, en relación a estos ambientes, fundamental ha sido la ayuda del historiador Álvaro Pastor Torres.
La excavación ha vuelto a sacar a la luz esa Iglesia gótica de San Miguel que es posible ver el los grabados y fotografías antiguas. Pero la investigación arqueológica también ha desenterrado y puesto en evidencia las fases ocupacionales del solar previas a la construcción del majestuoso edificio religioso de 1356.
