Horas después del incendio, el hermano mayor de la Resurrección comentó a este periódico su valoración sobre las causas del siniestro. "Esto es una gamberrada enmascarada con una reivindicación política. No hay ningún preso anarquista. Tampoco creo que sea nadie del barrio porque la hermandad está muy volcada con él y justo el sábado repartimos juguetes por el barrio", dijo Miguel Ángel Pérez.

El templo de Santa Marina fue uno de los que quedó destruido en los sucesos del sábado 18 de julio de 1936, cuando un grupo de incontrolados asaltaron e incendiaron numerosos templos de la ciudad, sobre todo en la zona noreste del casco histórico, y más concretamente en la zona conocida como el Moscú sevillano, en señal de respuesta al golpe militar y la toma de Sevilla por parte del general Queipo de Llano.

Una vez que la propia hermandad difundió en las redes sociales el suceso, las referencias al 36 no tardaron en surgir y se abrió un acalorado debate con tintes políticos. Al parecer, el modus operandi utilizado en esta ocasión es idéntico al que se usaba en la época, cuando se idearon soluciones para evitar que las llamas entrasen por debajo de las puertas. En el 36, el fuego destruyó las iglesias de San Gil, Santa Marina, San Marcos, todas ellas en la calle San Luis, o San Roque. El investigador Juan Pedro Recio, señala en su libro Las cofradías de Sevilla en la II República (Abec editores) que la reconstrucción de las iglesia "fue irregular". "Omnium Sanctorum, San Gil y San Roque fueron reabiertas, tras ser rehabilitadas de forma rápida, en 1940, 1942 y 1944".

Cuando Santa Marina fue destruida en 1936 residían en ella las hermandades de la Sagrada Mortaja, la Divina Pastora y la Sacramental. La primera se fundó allí en el siglo XVI. Ocupaba capilla propia en la cabecera de la nave de la epístola, donde actualmente recibe culto la Virgen de la Aurora. El excepcional conjunto escultórico de la corporación se salvó de las llamas por unas particulares circunstancias, como cuenta Recio en su libro: "Las cordiales relaciones entre los miembros del sindicato anarquista CNT y varios hermanos de la Sagrada Mortaja fueron fundamentales para que los cofrades retiraran a tiempo su patrimonio del templo". Aunque la hermandad no sufrió apenas pérdidas materiales, nunca más pudo volver a la que fue su casa durante varios siglos. Entre las pérdidas de la iglesia en 1936 hay que destacar el magnífico retablo mayor que procedía del desamortizado convento Casa Grande del Carmen, realizado por Francisco de Barahona. La de Santa Marina fue la que más tiempo tardó en rehabilitarse. Cuando todo estaba previsto en el año 1981, un nuevo incendio, al parecer ocasionado por indigentes que dormían en el templo, provocó un nuevo retraso. No fue hasta el 7 de abril de 1987, cuando monseñor Amigo Vallejo bendijo el templo bajo el título de Santa Marina y San Juan Bautista de La Salle.