El 7 de mayo de 1988 fue un día especial en Jerez. El presidente de la Junta, José Rodríguez de la Borbolla, y el alcalde de Jerez, Pedro Pacheco, cortaban la cinta del restaurado palacio Pemartín, en el flamenco barrio de Santiago. Se hacía realidad una iniciativa impulsada por el flamencólogo Francisco Vallecillo, que moriría dos años después viendo realizada su obra. Tendría el nombre de Fundación Andaluza de Flamenco y su primer director sería José Joaquín Carrera, que afirmaba que la vocación del nuevo organismo sería "un primer intento serio por parte de las autoridades autonómicas y locales andaluzas de reunir en una sola iniciativa la promoción del flamenco como arte específicamente andaluz, a través de un centro que ofrezca diversos servicios y programaciones". José Mercé, Fosforito, Fernanda de Utrera, Chano Lobato y Manuel Mairena pusieron música al acto.

Arrancaba el proyecto con una biblioteca de 800 volúmenes, un corto archivo sonoro, formado por unos pocos LP's y en la parte gráfica algunas fotografías. Tampoco muchas. A Carrera le sustituyó en 1994 Eduardo Rodríguez, que duró poco en el cargo, pero bajo su mandato el consejero de Cultura, Juan Manuel Suárez Japón, decidió asumir el control de la Fundación bajo su manto. Se cambió la denominación por Centro Andaluz de Flamenco. De este modo, también asumía a sus trabajadores. Suárez Japón hizo hasta un decreto: "La función del CAF es preservar los valores tradicionales de cuantas manifestaciones artísticas literarias y musicales sean exponentes del saber y sentir del pueblo andaluz, relacionados con los cantes, bailes y toques de guitarra del arte flamenco". También "reunir y conservar cuantos documentos, objetos y elementos estén relacionados con este arte, y en general libros y documentos históricos, reproducciones sonoras, fílmicas y literarias que sirvan para perpetuar la historia del flamenco como exponente del sentir y del saber del pueblo andaluz".

La siguiente consejera de Cultura, Carmen Calvo, nombró en 1997 director al profesor y cantaor de Mairena Calixto Sánchez. Bajo su mandato, el Centro amplía sus fondos viviendo y se centra en la vertiente documental. Es destituido en 2002 para nombrar a otro cantaor, un joven de 31 años que todavía no había grabado ni un disco, Segundo Falcón. Carmen Calvo justificó este nombramiento porque Falcón "tiene mucho mundo". Falcón estaba más pendiente de las actuaciones que del Centro y en 2006 Bibiana Aído coloca a su amiga Olga de la Pascua, ajena al mundo del flamenco, al frente. Sorprende De la Pascua con una gestión muy activa: se impulsa la digitalización, la Cátedra de Flamencología cede todo su legado al Centro con archivos históricos de la Bienal incluidos, se crean los puntos de información flamenca...

En 2012 el consejero Luciano Alonso descabeza, sin más explicaciones, el Centro. Desde entonces, sin nadie que lo impulse, olvidado, languidece.