EN 1391 una de las antiguas sinagogas de la judería sevillana, abandonada tras la matanza de judíos provocada por el Arcediano de Écija, fue convertida en la parroquia de Santa Cruz. En 1655 la Orden de Clérigos Regulares Menores encargó a los arquitectos Sebastián de la Puerta y José Tirado la construcción de una iglesia y un convento sobre el solar de un corral de comedias, siendo terminadas las obras en 1728. El 10 de julio de 1810 se unieron los destinos de las dos iglesias.

José Bonaparte había entrado seis meses antes en Sevilla "a tambor batiente y banderas desplegadas" para saquearla con tal dedicación que Napoleón escribió: "Mis tropas han entrado ya en Sevilla, hallando un formidable botín"; frase que han debido repetir, frotándose las manos, cuantos depredadores han dejado y están dejando a Sevilla como hoy la añoramos y la padecemos. Además de saquearla, Bonaparte modernizó Sevilla a base de derribos y degradaciones, idea asombrosamente viva dos siglos después, convirtiendo en cuartel el convento del Carmen y en establo la parroquia de San Esteban o derribando el convento de la Encarnación y las parroquias de la Magdalena y Santa Cruz. Fue entonces cuando se unieron los destinos de Santa Cruz y la iglesia de los Clérigos Menores, al trasladarse a ella la primera tras su derribo.

El párroco que realizó el traslado provocado por el derribo francés de la parroquia de Santa Cruz fue -cosas de la historia- el ilustrado sacerdote con fama de afrancesado Félix José Reinoso Gómez, excepcional personaje de cuya labor al frente de la parroquia escribió un biógrafo coetáneo: "Hizo gratas las moradas en el barrio más estrecho, más oscuro y menos saludable de la gran metrópoli. La templanza, la sobriedad, la subsistencia de los menesterosos, el amparo de las viudas y huérfanos, la atinada educación de los últimos, la exacta asistencia de los enfermos, los auxilios de la medicina y de la farmacia, el aseo, la limpieza, el comedimiento: todo anunciaba el fruto de la reforma emprendida y continuada con el espíritu apostólico de los tiempos primitivos".

Desde aquel primer párroco humanitario e ilustrado que se trajo, hoy hace doscientos años, la parroquia de Santa Cruz a la iglesia de los Clérigos Menores hasta Pedro Ibarra, Eduardo Martín Clemens e Isaac Morillo, pasando por el recordado Juan Lemus Bengoechea, no ha tenido mala suerte con sus curas esta hermosa y blanca parroquia mía, tan luminosa y serenamente neoclásica como la música de Haydn que parece descender sobre ella desde el soberbio órgano que la preside desde el muy neoclásico año de 1799.