El diseño inicial de las tres líneas del Metro de Sevilla va a incorporar con toda seguridad nueve modificaciones en respuesta a las alegaciones ciudadanas presentadas en verano por los ciudadanos, entidades y administraciones. No se descarta algún cambio más al final de octubre, cuando la Junta habrá respondido a los casi dos centenares de sugerencias recibidas. 

En la línea 2 se concentran la mayor parte de los cambios; a saber, la parada de Cristo de Burgos como segunda estación del centro que completará a la prevista inicialmente en el Duque, eltrazado bajo tierra de los 200 metros del nudo de la avenida Montesierra de Sevilla Este que cruza con la SE-30, y dos paradas nuevas en la periferia, una en Torreblanca (la estación Polígono El Pino no cubre la parte más poblada del barrio, sólo Las Lumbreras) y otra en Parque Alcosa (la estación Palacio de Congresos queda a un kilómetro del punto más extremo), que harán que el Metro se adentre mucho más en estas zonas obreras. 

La estación de Cristo de Burgos irá en el centro de la plaza a 50 metros de profundidad y con una boca de acceso de 32 metros de diámetro. En Sevilla Este está por ver si el tramo anterior de 800 metros que va por la avenida Montesierra-Carretera Amarilla también se soterra, o se mantiene su diseño en superficie. En los barrios de Torreblanca y Alcosa el compromiso de la Junta es "potenciar la cobertura" del Metro en estos barrios bien desviando el Metro a estas zonas o bien con otras soluciones. El único requisito técnico es que los tiempos de viaje al final sean competitivos con el coche privado.  

En la línea 3, las variaciones de trazado se resumen en añadir una parada en San Jerónimo llevando el Metro hasta esta zona residencial, un barrio periférico con un fuerte déficit de transporte público; soterrar el paso del Metro por la Ronda Norte (el diseño inicial va en superficie desde el final de Doctor Fedriani hasta antes del cruce con Manuel del Valle) y prolongar la línea hasta Bellavista, otra barriada de tradición obrera. La Junta ha prometido presentar en febrero de 2011 la solución constructiva para prolongar el Metro a San Jerónimo por las antiguas vías del tren.  El compromiso de Bellavista se adquirió el 5 de mayo en el Parlamento andaluz.

En la línea 4, el único cambio previsto hasta el momento consiste en alejar la estación del interior del Parque Celestino Mutis para ubicarla en el exterior de esta zona verde que tanto esfuerzo costó a los vecinos y construir el túnel con tuneladora para atravesar bajo el parque sin causar daños. El proyecto original era abrir zanjas en medio del parque, es decir, hacer un túnel en pantalla.

La novena modificación afecta a las cocheras y talleres de las líneas 3 y 4, que se cambiarán de sitio para no afectar ni a la ampliación prevista del Parque del Alamillo ni a los suelos del Higuerón. Se hará lo que diga el pacto con el Ayuntamiento y el planeamiento urbano.   

En definitiva, después de dos meses de alegaciones públicas, la Junta ha reconsiderado el modelo de Metro pactado con el Ayuntamiento para que también llegue a cuatro barrios periféricos, tenga una segunda parada en el casco histórico, evite daños a una zona verde y vaya en subterráneo por dos tramos conflictivos para el tráfico de la capital (la Ronda Norte y el cruce con la SE-30).   

De los 42 kilómetros que suman las tres líneas previstas, sólo 18 kilómetros cuentan con plazo y financiación asegurados. Deben estar listos en 2017 con una financiación de 1.000 millones.