La Consejería de Medio Ambiente y Ordenación del Territorio ha puesto en marcha siete programas sectoriales para regular los usos del Espacio Natural de Doñana adecuados a sus objetivos de conservación. El consejero José Fiscal indica en una respuesta parlamentaria a Podemos que desde 2011 la Junta ha realizado un "importante" esfuerzo para el desarrollo de la planificación sectorial para los usos y aprovechamientos que se realizan dentro de la zona protegida.

Los programas redactados son de Uso Público, que se centra en los equipamientos de recepción e interpretación -centros de visitantes, senderos peatonales-, la divulgación, la educación ambiental y las visitas guiadas; y de Tránsitos Rocieros, que incluye una serie de medidas protectoras del espacio frente a la intensidad puntual de vehículos, animales y personas, tales como la ordenación de las áreas de tránsito y pernocta, la concienciación e implicación de hermandades y peregrinos, el desarrollo de planes de control de riesgos (incendios) o la realización de operaciones de limpieza y recuperación de las zonas afectadas.

También se incluye el de Investigación, mediante el cual la Consejería y la Estación Biológica de Doñana coordinan todas las iniciativas de investigación que pretendan llevarse a cabo por cualquier órgano.

En el ámbito económico destaca el de aprovechamiento ganadero, que realiza el seguimiento de la actividad en régimen extensivo y prestando especial atención a la presencia de razas autóctonas en peligro de extinción. De forma más específica, la Junta también ha regulado los usos en el sector apícola y dos más específicos: el plan de aprovechamiento de la coquina y el de la piña.