La patronal que Santiago Herrero abandona es muy diferente a la que se encontró cuando asumió su presidencia en febrero de 2002 y a la organización a la que ha dedicado casi cuatro décadas de su vida. La Confederación de Empresarios de Andalucía lucha por evitar su quiebra. En su última asamblea general aprobó un nuevo plan de viabilidad tras presentar un déficit de 12,4 millones de euros en 2012, el mayor de su historia y seis veces superior al del ejercicio anterior. El agujero se achacó fundamentalmente al parón del patrocinio de los programas de formación, que provocó un desfase de 9,8 millones de euros, y al coste del penúltimo ERE, 1,12 millones de euros. La patronal ejecutó una nueva reducción de plantilla con el fin de reducir sus gastos en un 22%. Además, intentó hipotecar su sede en la Isla de la Cartuja aunque la operación no llegó a cuajar por la reticencia de las entidades financieras.  Asimismo, inició la comercialización de sus instalaciones para la celebración de eventos  y el cobro a empresas por  prestación de servicios.

El fin de los cursos evidencia también el agotamiento del modelo de la concertación social, que durante casi dos décadas se plasmó en un caudal de fondos públicos hacia actividades de formación organizadas por los agentes sociales. La renovación de los pactos en una octava ronda se antoja difícil por las restricciones presupuestarias de la Junta y el descrédito de los sindicatos por los escándalos de malversación.

La CEA también tiene abiertos varios frentes judiciales a través de la Fundación para el Desarrollo del Sur de Europa (FDSE). Aunque la patronal trata de desvincularse de ella, la FDSE está compuesta íntegramente por la CEA y los nombres de sus patronos coinciden con muchos de sus directivos. Fue fundada para desarrollar en Sevilla una promoción de 583 viviendas de promoción oficial -de las que todavía hay 500 sin entregar- y está siendo investigada en dos causas judiciales.

La primera de ellas nació a raíz de una denuncia de varias subcontratas que no cobraron nada por sus trabajos. La denuncia se dirige contra Santiago Herrero y altos cargos de la confederación y de la constructora Dolmen, como Antonio Carrillo, Juan Manuel Sanz, Antonio González Lara, Alejandro Cotta, Antonio Ibáñez, Juan Salas Tornero y Francisco Ramas Varo. Como consecuencia del escrito, el juzgado de instrucción 3 de Sevilla ha iniciado una investigación por estafa. La segunda causa fue abierta en noviembre tras una denuncia ante la Fiscalía de la Sareb, el llamado banco malo, que alertó de un desfase de entre 12 y 14 millones de euros. Asimismo, la Sareb  solicitó que la FDSE fuera declarada en concurso de acreedores con el fin de apartar a sus actuales gestores y ponerla bajo control judicial.