Con el derribo del convento de San Francisco muchas de sus obras de arte se perdieron para siempre. Otras acabaron en distintos museos y colecciones tras el expolio francés. Y algunas aún se conservan, la mayoría de ellas en Sevilla, en templos cercanos. Pero hay un gran retablo que se encuentra en el monasterio de San Lorenzo de Trasouto, en Santiago de Compostela.

Este retablo de mármol de Carrara de estilo renacentista habría sido realizado en 1532 por Antonio y Giovanni de Aprile junto Pier Angelo Della Scala. Fue donado en 1879 por Eulalia Osorio de Moscoso y Carvajal, XI duquesa de Medina de las Torres, nueva propietaria del monasterio franciscano, entonces pazo, tras la exclaustración. Esta fabulosa obra pertenecía al convento de San Francisco de Sevilla, cuyo derribo se certificó en 1844. El altar se trasladó hasta Compostela junto con dos sepulturas con las estatuas orantes de Francisco de Zúñiga y Pérez de Guzmán y quien fuera su esposa, Leonor Manrique de Castro, que fueron los primeros Marqueses de Ayamonte.

El retablo sevillano en el antiguo monasterio de de San Lorenzo de Trasouto.

Cuando se levantó la Plaza Nueva con motivo de la obra de peatonalización y la construcción del Metrocentro, se encontró una fuente del siglo XVI o XVII del antiguo cenobio. Fue desmontada y hoy está almacenada en el museo de Bellas Artes. La idea era que se pudiera instalar en Monsalves cuando se ampliara la pinacoteca. Otros restos que se pueden ver son el arquillo del Ayuntamiento, que era la entrada al convento, o la capilla de San Onofre, sede de la Adoración Eucarística Permanente y que perteneció a la Hermandad de las Ánimas, que se encuentra inserta en uno de los edificios del lado Sur de la Plaza Nueva, aunque con una extensión menor que la original.

La capilla de San Onofre.

Cerca, en la parroquia del Sagrario de la Catedral, se instaló el retablo de Piedad la capilla del Vizcaínos, una de las muchas que tenía el convento. Esta joya de cuenta con arquitectura de Francisco Dionisio de Ribas y esculturas y relieves de Pedro Roldán. En esta parroquia también se conserva el fabuloso púlpito realizado en mármol rojo y negro.

Parte de la cajonería de la sacristía fue llevada al franciscano convento de San Buenaventura, a la Parroquia de San Andrés y otra parte a Santa Marina, aunque esta se perdió en el incendio de 1936.El fantástico órgano, como se definía en las crónicas y publicaciones, fue a parar a la parroquia de San Bernardo. También se perdió en el asalto a este templo. La mesa de mármol que había en la sacristía está ahora en el Ayuntamiento.

El retablo de los Vizcaínos, hoy en la parroquia del Sagrario.

A San Ildefonso, templo que se inaugura al tiempo que se derriba el convento, también fueron a parar algunas obras, como el altar de piedra.

Por su parte, la Orden Tercera se traslada a la iglesia de San Alberto, donde también se llevan las imágenes de la Hermandad de la Vera Cruz.