El portavoz nacional de Asociación Judicial Francisco de Vitoria, Jorge Fernández Vaquero, ha apuntado en un comunicado que los primeros que deben creerse y practicar la separación de poderes son todos los Gobiernos y partidos políticos respetando que una investigación judicial sobre un asunto que les afecta se desarrolle sin ninguna posibilidad de influir o interferir en ella y sin más información de la que decida el juez instructor, por lo que añade que, si el ministro Marlaska o alguno de los cargos políticos del Ministerio de Interior ha intentado acceder a esta investigación y el cese del coronel Pérez de los Cobos tiene relación con su negativa a permitirlo, "se habría producido una injerencia injustificable y un gravísimo ataque a la independencia judicial".

Esta reacción se debe al cruce de acusaciones que se están lanzando desde diferentes sectores políticos e incluso judiciales tras la decisión del Ministerio de Interior de cesar al coronel Pérez de los Cobos supuestamente por negarse a filtrar información al Gobierno sobre la causa que instruye la magistrada Rodríguez Medel por la manifestación del 8-M.

En este sentido, la segunda asociación de jueces y magistrados más representativa del país, que se define como independiente y al margen de cualquier afinidad ideológica o política, manifiesta que "la independencia judicial hay que creérsela siempre y todos, de nada sirven palabras grandilocuentes y comunicados retóricos cada vez que es atacada como en este caso y en otros muchos anteriores por parte de otros: la independencia de la Justicia hay que defenderla no sólo con palabras, sino también con hechos que respeten su auténtico significado”.Pero el portavoz de AJFV también se dirige a los jueces y recuerda que "eso mismo y con más razón todavía también nos lo tenemos que creer y aplicar los propios jueces, porque es incongruente salir a clamar por la independencia judicial en unos casos y callar e incluso justificar otras injerencias similares dependiendo del perfil del juez o del partido político afectados". Por todo ello, continua la nota, denuncia "los intentos de injerencia política sobre la Justicia como hemos hecho siempre: antes, ahora y mucho nos tememos que tendremos que seguir haciendo después" y añade que "en esta asociación de casi 900 miembros defendemos el trabajo responsable e independiente de jueces, magistrados y Policía Judicial en la misma medida y en todos los casos".