La Alcaldía de Las Cabezas de San Juan se encuentra en manos del socialista Francisco José Toajas Mellado, que logró hacerse con la mayoría absoluta en las pasadas elecciones de 2019. El resultado de las pasadas elecciones obtuvo 11concejales, uno más que en 2015 de los 17 posibles, con 4.186 votos, el 58,90 % del total.

Como segunda fuerza política quedó Izquierda Unida Los Verdes- Convocatoria por Andalucía que sacó 3 concejales, los mismos que en 2015, con 1.277 votos, es decir, el 17,97% de los votos. 

El PP  dejó de ser la tercera fuerza política de Las Cabezas de San Juan,  cediendo este puesto a Vecinos Activos por Las Cabezas, que se llevó 2 concejales en la segunda convocatoria a la que concurrió, lo que representó el 6,53 % de los votos y 439 papeletas más que en 2015, sumando 946 votos, siendo con el PSOE, las dos fuerzas políticas que subieron con respecto a los comicios de 2015.  El último lugar lo ocupó el PP, que perdió un concejal, quedándose solo con uno y con 345 votos menos, lo que supuso 511 papeletas y el 7,19% de los votos de los cabeceños.

Participación en Las Cabezas de San Juan

La participación en Las Cabezas de San Juan en 2019, año en el que según el INE tenía 16.417 habitantes, fue del 55,38%, 5.68 puntos menos que en las elecciones de 2015: 61,06%. El número de electores censados para 2023 es de 13.224. En las elecciones municipales anteriores, votaron un total de 7.197 personas, de los cuales 5.799, un 44,62% fueron abstención. Además hubo 90 votos nulos y 102 votos en blancos.

El término municipal de Las Cabezas de San Juan comprende cuatro zonas más: Sacramento, Marismillas (Entidad Local Autónoma), San Leandro y Vetaherrado.