El ritmo de trabajo ha crecido exponencialmente en las últimas semanas en el laboratorio de Microbiología del Hospital Virgen del Rocío, el único en Andalucía que secuencia el SARS-CoV-2 –junto con el del Hospital San Cecilio de Granada– donde se trabaja a toda máquina para secuenciar centenares de pruebas de Covid que se han multiplicado como fruto de la sexta ola de coronavirus en la comunidad. El objetivo, detectar cualquier posible sospecha de la variante ómicron que, tanto por su presunta mayor contagiosidad, como por su hipotética mayor resistencia a los efectos de las vacunas, ha cobrado notoriedad en unos momentos complicados epidemiológicamente hablando, en pleno pico de contagios.

"Poco se puede decir aún de la clínica de la nueva variante. Sería aventurado sacar ahora mismo conclusiones, pero sí parece claro, por los análisis que hacemos, que se trata de una variante con mayor transmisión. Pero hay que esperar para saber cómo va a encajar en un territorio en el que la variante delta es la predominante, es decir, saber la intensidad que puede tener la circulación de ómicron en Andalucía sigue siendo a día de hoy una incógnita. Estamos viendo como en Sudáfrica se ha ido imponiendo poco a poco, pero las circunstancias epidemiológicas y sanitarias de vacunación allí son muy distintas", afirma el jefe de Microbiología del mayor hospital sevillano, el doctor José Antonio Lepe.

En Sevilla, la variante ha hecho su aparición en las últimas horas a través de una joven procedente de Madrid que se encontraba pasando unos días a la comunidad, "sin trascendencia clínica", según informó ayer el consejero de Salud y Familias, Jesús Aguirre. Es el cuarto caso de ómicron en Andalucía, tras los confirmados la semana pasada en Cádiz y Almería. 

Para Lepe, la llegada de nuevas variantes es fruto de la "globalización". "Es inevitable. Las personas viajamos, nos relacionamos, y, cuando aparece una alarma como la actual por la aparición de una variante problemática, tal vez lleve ya un tiempo circulando porque los viajes internacionales ya se han encargado de moverla", indica.

De momento, en la provincia sevillana, afirma el microbiólogo, "el 99%" de los casos de Covid que se están detectando en el Virgen del Rocío son de la variante delta (de la delta plus apenas ha habido rastro). "La circulación mayoritaria en la provincia es de la variante delta. No sabemos lo que va a pasar a dos semanas o a un mes vista, pero ahora mismo, ómicron apenas están apareciendo en el escenario epidemiológico", sostiene el microbiólogo.

El porcentaje de positividad en la provincia se duplica en las últimas semanas

Otro dato importante en pleno pico de contagios es la positividad de los test PCR que realiza este laboratorio, la cual se ha duplicado en las últimas semanas. "Actualmente podemos estar entre un 16% y un 18% de positividad. En las épocas buenas, de bajada del número de contagios, apenas llegamos a un 8%", recalca el doctor.

Por ello, el jefe de servicio de Microbiología del Virgen del Rocío hace un llamamiento para "extremar las medidas" ante esta sexta ola de contagios. "Tenemos herramientas para intentar ponerle coto. Están las vacunas, pero también las mascarillas. No podemos olvidarnos de ellas, son una herramienta muy importante. Y también evitar las aglomeraciones de personas porque de alguna manera favorecen la diseminación de los virus", afirma el doctor.

El doctor Lepe (segundo por la izquierda) junto a parte del equipo del laboratorio.

Desde el estallido de la sexta ola en Andalucía, en el servicio de Microbiología del Virgen del Rocío se analizan en torno a 1.000 ó 1.200 pruebas diagnósticas diarias. Un dato muy elevado que se ha incrementado "considerablemente" en las últimas semanas dada la transmisión de casos en la provincia, ya que el volumen de trabajo llegó a bajar hace unos meses a las 200 muestras al día. "Nuestro máximo está en las 2.500 que hicimos después del verano de 2020, en la segunda ola, pero ahora esperamos no llegar a esa cifra", señala el doctor Lepe. Hace sólo dos meses, en octubre, apenas se analizaban 150 ó 200. "Estamos en un escenario de incremento progresivo", añade.

De todas ellas, en torno a unas 200 ó 300 se someten semanalmente a secuenciación genómica, es decir, a un análisis en profundidad de su material genético. La elección es especialmente meticulosa, ya que esta técnica es mucho más compleja y requiere de más tiempo, y en estos momentos se centra, en su mayoría, en muestras de viajeros procedentes del cono sur de África en busca de la variante ómicron.

Para ello se utilizan secuenciadores de tercera generación, "muy potentes" –destaca José Antonio Lepe– que se emplean en "momentos de alerta como el actual". Con ellos se adelantan resultados, independientemente de las secuenciación semanal, ya que permite acortar los tiempos de secuenciación de tres o cuatro días a 24 horas, según detalla el doctor.

En cualquier caso, la alta transmisión actual del virus refleja importantes bolsas de contagiados en la provincia, sobre todo en la capital. De los 3.381 casos confirmados en los últimos 14 días, 1.410 fueron en la ciudad. El distrito sanitario Aljarafe cuantifica 658; los pueblos de la Sierra Norte, 455; en el distrito Este se han registrado en ese mismo periodo de tiempo 228 casos; y en el Sur, 627. La incidencia provincial a 14 días es de 172,7 casos por 100.000 y de 73,1 a 7 días.